Stell dir vor du hättest 2 Bücher und willst die in einem Buch zusammenfassen. Würdest dort das selbe mit den Zeilen machen ergibt das keinen Sinn und niemand könnte das Buch mehr lesen.
Normalerweise speichert der Binder die dateien z.B. als Resource und schreibt sie beim ausführen auf die Festplatte in verschiedene Dateien.
Um die Analogie mit den büchern zu nehmen: Du nimmst die bücher - packst beide in einen Rucksack - und wenn jemand die Bücher lesen will packst du sie wieder aus. Das heißt die Bücher und der Rucksack vermischen sich nicht.
Der Rucksack wäre dann dein Binder.